Le RNDDH peut être décrit comme une organisation ayant deux parties ou groupes, séparés mais importants l’un et l’autre : l’équipe du bureau central de Port-au-Prince et les équipes et volontaires des réseaux départementaux locaux.
L’équipe du bureau central de Port-au-Prince est organisée en 12 commissions de travail, chaque membre de l’équipe faisant partie de 4 commissions différentes, en moyenne. Les commissions de travail sont réparties en fonction des activités suivantes : Indicateur des Droits Humains (bulletin trimestriel du RNDDH) ; Formation aux Droits Humains pour la Police Nationale d’Haïti (PNH) ; Formation en Droits Humains pour les Organisations de Base ; Formation en Droits Humains pour les Ecoles, « Education Plus » ; Réseaux Départementaux du RNDDH ; Approche Genre ; Mineurs en Conflit avec la Loi ; Monitoring des Prisons ; Monitoring de la Police Nationale d’Haïti (PNH) ; Monitoring du Système Judiciaire, Monitoring du Système de Santé ; et Développement d’une Banque de données.
Le RNDDH a établi ce système d’organisation afin de maximiser le partage de connaissances et la collaboration. Chaque commission est dirigée par un membre de l’équipe du RNDDH, bien que chacun des membres de l’équipe soit impliqué de la même manière et responsable du travail et des progrès effectués par la commission. Le RNDDH est aussi composé de ses réseaux départementaux de droits humains. Chaque réseau local de droits humains est lui-même composé d’individus ayant réussi le cycle de formation en droits humains pour les organisations de base du RNDDH et qui se sont engagés à faire naître une culture de droits humains dans leur communauté locale.